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转录组-RNA de novo测序

RNA de novo测序介绍

在所?#33455;?#30340;物种不具备参考基因组时,通过de novo分析策略,转录组测序可以帮助?#33455;?#20154;员快速获取该物种的mRNA序列,并预测可能的非编码RNA。此外,在分析基因表达水平的同时,还可以获得cSNP,从而提供全面的转录组信息。

 

伯豪特色

  1. 样本处理:超过200种样本的RNA抽提经验;易降解样本、微量样本的抽提解决方案;
  2. ?#30446;?#26500;建:低至200ng起始的建库能力,另有单细胞(微量)测序解决方案;
  3. 质控管理:ISO9001认证,Illumina CSPro认证;
  4. 数据分析:开?#27492;?#27861;与商业化软件保证拼?#26377;?#26524;;全面的数据库注释;灵活的定制分析。

 

技术参数

  1. 样本类型:total RNA、组织、细胞等;
  2. 建库起始量:total RNA >=2 μg(低至100ng);浓度>=50 ng/ul;
  3. 测序模式:Illumina HiSeq PE150;
  4. 推荐数据量:>=6 Gb/样本。

 

服务流程

实验设计——样本取材——RNA抽提——polyA富集——?#30446;?#26500;建——测序——数据分析

 

数据分析

流程图

 数据分析内容列表

 

案例展示

案例一

伯豪生物携手广东农业科学院对兜兰(Paphiopedilum)单独开花行为与简单重复序列标记的开发利用进行了深入的?#33455;俊?#20828;兰是一种可以单独开花的长青类多年生植物,但是人们对其有关开花行为的基因组信息却知之甚少。通过de novo转录组测序服务对同色兜兰(Paphiopedilum concolor)、带叶兜兰(Paphiopedilum hirsutissimum)以及两个栽培?#20998;?#36827;行了测序。通过测序,?#33455;?#20154;员发?#33267;?#19968;些与单独开花行为有关的转录因子。同时还?#19994;?#20102;20969个可用于分子标记的EST-SSR以及15137个引物SSR。该工作为人们对兜兰开花与花的发育的分子机制有了一定的了解。
原文出处:Li DM, Wu W, Zhang D, et al. Floral Transcriptome Analyses of Four Paphiopedilum Orchids with Distinct Flowering Behaviors and Development of Simple Sequence Repeat Markers. Plant Mol Bio Rep. 2015, 33(6):1928-52.

 

案例二

伯豪生物携手安徽农业大学植保学?#28023;?#20351;用Illumina测序平台对?#21697;?#30002;(Tenebrio molitor,一种鞘翅目昆虫)进行转录组测序,de novo拼接获得了35,363条unigenes,其中18,820条unigenes与NR蛋白质数据库中已注释的蛋白能够较好地匹配,GO和COG被用于分析基因的潜在功能。为在?#21697;奐状?#35282;转录组中鉴定出了19个OBP基因,12个CSP基因,20个OR基因,6个IR基因,2个SNMP基因。本?#33455;?#26159;首次对?#21697;奐状?#35282;进行转录组学?#33455;浚?#20026;深入?#33455;?#38808;翅目嗅觉基因的功能奠定了坚实的基础。
原文出处:Liu S, Rao XJ, Li MY, et al. Identification of candidate chemosensory genes in the antennal transcriptome of Tenebrio molitor (Coleoptera: Tenebrionidae). Comp Biochem Physiol Part D Genomics Proteomics. 2015, 13:44-51.

 

案例三

伯豪生物携手?#26412;?#26519;业大学对卷丹(Lilium lancifolium)在寒冷刺激下的转录组进行了深入分析。卷丹是一种广泛分布于我国西南和东北地区的野生耐寒植物。利用RNA de novo测序,?#33455;?#20154;员比较了冷胁迫处理和对照组的转录组差异,通过差异基因的COG和KEGG注释,以及k-mean聚类分析,?#19994;?#20102;相关信号通路以及通路中重要的信号转导基因和转录因子。
原文出处:Wang J, Yang Y, Liu X, et al. Transcriptome profiling of the cold response and signaling pathways in Lilium lancifolium. BMC Genomics. 2014, 15:203.

 

案例四

伯豪生物携手湖南农业大学油料作物研,采用Illumina测序平台检测近交系?#35889;閻制ぃ⊿Y)以及近等位基因系棕籽?#21046;ぃ∟ILA)的转录组基因,对检测结果进行De Novo拼接获得69,605个unigene,大约71.5%(49,758个unigene)能比对到Nr蛋白数据库。RPKM分析结果显示,棕籽?#21046;?#36739;?#35889;閻制ぃ?#26377;802个基因上调,502个基因下调。生物学通路分析显示,46个基因与类黄酮合?#19978;?#20851;。在?#35889;?#20013;,与后期类黄酮生物合?#19978;?#20851;的编码基因二氢黄酮还原酶(DFR)、白花色素双加氧酶(LDOX)、花色素还原酶(ANR)不表达或者表达水平非常低,这也暗示了这些与PA合?#19978;?#20851;的基因可能与荠菜型油菜?#21046;?#30340;着色相关,qRT-PCR检测进一步确认了该结果。该?#33455;?#39318;次实现荠菜型油菜?#21046;?#36716;录组测序,?#33455;?#20013;所获得的基因不仅有利于阐明荠菜型油菜?#21046;?#30528;色的分子机制,且为该物种今后的基因组学?#33455;?#25552;供了基础。
原文出处:Liu X, Lu Y, Yuan Y, et al. De novo transcriptome of Brassica juncea seed coat and identification of genes for the biosynthesis of flavonoids. PLoS One. 2013, 8(8):e71110.


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